بر اساس ماده 12 شورای عالی، شرح وظایف و اختیارات مدیر، توسط شورای عالی، تعیین و تدوین می‌شود و تصویب آیین‌نامه و تعیین مدیر، با رأی دو سوم کل اعضا است.

مدیر حوزه های علمیه وظایف متعددی بر عهده دارد که از آن جمله می توان به هدایت، نظارت و اداره کلیه فعالیتهای مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه در چارچوب شرح وظایف، هدایت و نظارت بر فعالیتهای مدیریت،‌ حوزه‌های علمیه استانی، ایجاد ارتباط سازمانی مناسب بین مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیریت حوزه‌های علمیه استانی، ایجاد هماهنگی و ارتباط سازمانی مناسب بین حوزه‌های علمیه استانی، توزیع مطلوب امکانات مادی و معنوی بین آنها،‌ ابلاغ مصوبات شورای عالی به معاونتها، دفاتر و ادارات مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیریتهای حوزه‌های علمیه استانی و نظارت بر حسن اجرای آن ابلاغ آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌ها اشاره کرد.

همچنین بخش‌نامه‌های اجرایی مرکز مدیریت، امضای مدارک علمی حوزه علمیه در چارچوب ضوابط مصوب، مسئولیت امور مالی، قبول تعهدات،‌ پرداخت دیون و اسناد مالی در چارچوب آیین‌نامه مالی و معاملاتی، حفظ و استیفای تمام حقوق مرکز و ‌اقامه هر نوع دعوا و صلح و سازش و نمایندگی مرکز نزد مراجع ذی‌صلاح، انعقاد قراردادهای لازم با نهادها در چارچوب شرح وظایف از دیگر وظایف مدیر است.

شرکت در جلسات شورای عالی طبق دعوت شورای عالی، درخواست تشکیل جلسه فوق‌العاده شورای عالی، پیشنهاد قائم‌مقام، معاونین مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و مدیران حوزه‌های‌ علمیه استانی به شورای عالی و صدور حکم پس از تأیید،‌ عزل و قبول استعفای قائم‌مقام، معاونین و مدیران حوزه‌های علمیه استانی پس از اعلام به شورای عالی، تأیید معاونان حوزه‌های علمیه استانی، انتصاب سایر مدیرانی که به موجب قانون در اختیار مدیر مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه است نیز برخی وظایف مدیر حوزه های علمیه به شمار می آید.

اعلام تعطیلات حوزه بر اساس مصوبات شورای عالی،‌ ارائه گزارش فعالیت مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه و حوزه‌های علمیه استانی، به شورای عالی از جمله شرح وظایف مدیر حوزه‌های علمیه است.